Географическое и экономическое значение Рыбинска в XIX веке как порта важнейшей водной магистрали России реки Волги, расположенного при впадении в нее Шексны и Мологи, вызвало необходимость организации в городе учебного заведения для подготовки кадров для водного транспорта и содействия отечественному торговому мореплаванию.
Исходя из этих соображений, по ходатайству Рыбинской городской думы в Рыбинске 21 ноября (3 декабря по новому стилю) 1876 года был открыт мореходный класс первого разряда с двухгодичным сроком обучения по подготовке штурманов и шкиперов каботажного и дальнего плавания.
С 1876 по 1881 год он состоял в ведомстве Министерства финансов, а с 1 августа 1881 года перешел в ведомство Министерства народного просвещения. За время существования класса было подготовлено и выпущено 55 штурманов и шкиперов
Бурное развитие судоходства на Волге и ее притоках подталкивало к организации в Рыбинске речного училища, которое могло бы готовить капитанов и их помощников для судов Волжского бассейна. И в 1899 году мореходный класс был преобразован в речное училище 2 разряда, которое было передано в ведение Министерства путей сообщения и имело судоводительскую специальность с двухлетним сроком обучения.
Учебные занятия проводились в арендованном у попечительства московского приюта двухэтажном деревянном здании по улице Пушкина, которое до настоящего времени не сохранилось.
С 1899 по 1917 год речное училище подготовило и выпустило 316 специалистов, а за весь дореволюционный период – около шестисот.
После Великой Октябрьской социалистической революции речное училище перешло в ведение Главвода ВСНХ, в 1919 году объединилось с эвакуированным из Петрограда Морским училищем дальнего плавания и в том же году было преобразовано в техникум водного транспорта с отделениями судомеханическим и судостроительным. Позднее были открыты электромеханическое и гидротехническое отделения. Контингент учащихся составлял 310 человек.
В 1924 году техникум был реорганизован в школу 2 ступени водного транспорта с курсовой сетью, работавшей в межнавигационный период, а с 1 августа 1930 года по ходатайству городских партийных и советских организаций школе вновь вернули статус речного техникума.
Первыми руководителями и организаторами развития техникума были выдвиженцы судоремонтного завода имени Володарского Иван Павлович Петров и Алексей Александрович Зеленцов. В качестве преподавателей по общеобразовательным предметам были привлечены учителя школ города, а по специальным — инженерно-технические работники речного транспорта. В июне 1931 года Рыбинский Горисполком передал техникуму для застройки земельный участок, где сейчас находится училище, и здание бывших торговых рядов под мастерские.
В 1934 году в Рыбинский техникум вливается Череповецкий речной техникум. Период с 1930 по 1941 год характеризуется ростом учебно-материальной базы техникума и его прочным становлением — было выпущено 730 техников по 6 специальностям.
Абсолютное большинство выпускников техникума направлялись на работу в различные звенья и бассейны речного транспорта, где они внесли большой вклад в технический прогресс на речном транспорте и успешное выполнение планов первых пятилеток.
Среди выпускников техникума — выдающийся деятель КПСС и Советского государства, Герой Социалистического труда Ю.В. Андропов (выпуск 1936 года), бывший начальник Северо-Западного речного пароходства В.И. Малов (выпускник 1924 года), бывший министр мелиорации и водного хозяйства БАССР Н.И. Басистов.
В годы Великой Отечественной войны, несмотря на трудности с учебными помещениями и то, что многие преподаватели и учащиеся были мобилизованы на фронт, занятия продолжались, было подготовлено 85 техников.
В этот период коллектив техникума совмещал учебные занятия с работой в помощь фронту и тылу, участвовал в строительстве оборонительных сооружений в Рыбинском и Мышкинском районах, вел в зимнее время борьбу со снежными заносами на железной дороге, помогал в уборке урожая, заготавливал топливо.
Работники, выпускники и учащиеся, мобилизованные на фронт, героически сражались с немецко-фашистскими захватчиками, многие из них были награждены орденами и медалями.
Трем выпускникам — летчикам Алексею Васильевичу Вихореву, Александру Ивановичу Рытову и Константину Михайловичу Кабанову — за храбрость, отвагу и мужество присвоено высокое звание Героя Советского Союза. За самоотверженный труд в тылу по подготовке кадров в годы войны 18 работников техникума были награждены медалями СССР.
19 декабря 1949 года постановлением Совмина №5656 «Об увековечении памяти Василия Ивановича Калашникова», выдающегося изобретателя судовых машин и котлов, новатора и судостроителя, его имя было присвоено техникуму и установлено две стипендии имени В.И. Калашникова для учащихся судомеханического отделения.
В августе 1956 года приказом министра речного флота техникум реорганизуется в речное училище закрытого типа, в которое вливается расформированное Рижское речное училище. Все содержание учащихся переводится на полное государственное обеспечение.
Министерством речного флота выделяются значительные средства на развитие учебно-материальной базы, в результате чего в 1957 году вводится общежитие на 500 мест и в 1964 году второе общежитие на 400 мест с оборудованием столовой на 500 посадочных мест, реконструируются существующие и создаются новые учебные кабинеты и лаборатории.
В декабре 1976 года старейшее учебное заведение Министерства речного флота за заслуги в подготовке специалистов для речного флота и в связи со 100-летием со дня основания было награждено орденом «Знак Почета».
Коллектив училища гордится своими выпускниками: Героем Социалистического труда капитаном В.В. Волковым, генерал-лейтенантами Н.А. Нееловым, А.В. Аникиевым, генерал-майором С.Н. Юпко, академиком, бывшим генеральным директором АООТ «Судоходная компания «Волжское пароходство» В.В. Нефедовым и многими другими.
Показателем высокого нравственно-патриотического воспитания является тот факт, что выпускники училища в последние годы регулярно получают государственные награды. Десантник С.И. Грудинский награжден посмертно орденом Мужества за подвиг в Аргунском ущелье 1 марта 2000 года.
Артем Трусов, Максим Цепилов, Илья Воронцов – выпускники училища 2007 года, спасшие жизнь семилетнего мальчика на пожаре, награждены в 2008 году медалью «За спасение погибавших». Летом 2010 года орден Мужества из рук Президента РФ Д.А. Медведева получил выпускник 2009 года Александр Батунов. В настоящее время он учится на заочном отделении Рыбинского филиала ФГОУ ВПО «МГАВТ».
В сентябре 2010 года награждены члены экипажа теплохода «Путейский-404» Рыбинского района гидротехнических сооружений за спасение команды затонувшего сухогруза ГТ-18. Из шести членов экипажа четверо – выпускники Рыбинского речного училища. Капитан теплохода «Путейский-404» Л.А. Кудрявцев награжден орденом Мужества, В.В. Федоровский, А.В. Майоров, А.С. Прокуров — медалью «За спасение погибавших».
По результатам 2008 и 2009 годов училище является дипломантом, а в 2010 учебном году — победителем конкурса за награду «Бегущая по волнам», проведенного в соответствии с государственной программой «Патриотическое воспитание граждан Российской Федерации» среди образовательных учреждений морской направленности в номинации «за успехи в работе по подготовке профессиональных кадров для флота России».
В декабре 2009 года во дворе училища был открыт мемориал памяти сотрудников, курсантов и выпускников, отдавших жизнь при выполнении воинского долга во славу Отечества.
В настоящее время Рыбинское речное училище им. В.И. Калашникова является филиалом Московской государственной академии водного транспорта, готовит специалистов по следующим специальностям: экономика и бухгалтерский учет (по отраслям); судовождение; эксплуатация судовых энергетических установок; эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики с ежегодным приемом 200 человек на дневное отделение и 50 — на вечерне-заочное.
Общее количество учащихся составляет 1050 человек. Все учебные занятия проводятся по кабинетной системе, для чего оборудован 31 учебный кабинет, в том числе 3 компьютерных класса, 7 лабораторий, учебные мастерские. В 2009 году создан тренажерный центр, куда входят тренажерный комплекс Марлот-М, тренажер ГМССБ типа «MASIM-D», тренажер для подготовки лиц рядового состава, несущих ходовую навигационную вахту, и др.