На Рыбинском водохранилище 11 организаций осуществляют промышленное рыболовство, где трудятся 500 человек. По итогам 2012 года вылов составил 1320,229 тонны. Этот показатель самый высокий за последние несколько лет. Основными объектами промысла являются лещ, судак, щука, синец, плотва, налим, чехонь, окунь.
Рыбинское водохранилище пользуется популярностью среди рыбаковлюбителей не только Ярославской области, но и соседних регионов. Следует отметить, что если до 90х годов этот вид рыболовства существенно не влиял на состояние запасов водоема, то в настоящее время общие уловы рыбы рыбакамилюбителями стали соизмеримы с промысловыми. Если раньше рыбакилюбители в основном специализировались на плотве, окуне, уклее, то теперь рыбацкое «вооружение» позволяет им ориентироваться на вылов крупных и хищных видов рыб: леща, сома, щуки, налима и судака. Доля вылова рыболовамилюбителями составляет порядка 25% от общего вылова рыбы на водохранилище. По ряду видов (щука, судак, окунь) эти показатели превышают 30%ный рубеж.
На Горьковском водохранилище промыслом занимаются 6 организаций. В 2012 году ими было выловлено 57,047 тонны рыбы.
Ежегодно по результатам исследований, проводимых Институтом биологии внутренних вод им. И.Д. Папанина РАН и Нижегородской лабораторией ФГБНУ «ГосНИОРХ» на основании данных о состоянии рыбных запасов, Федеральным агентством по рыболовству утверждаются объемы общего допустимого улова (ОДУ) водных биоресурсов на предстоящий год промысла, в соответствии с которыми производится распределение квот и объемов водных биоресурсов между организациями, осуществляющими рыболовство.
Для каждого вида рыб рассчитывается численность, далее величина промыслового запаса на предстоящий год и часть, изъятие которой не окажет отрицательного влияния на состояние популяции данного вида рыб. Эта величина и является общим допустимым уловом.
Виды, на которые разрабатываются квоты на Рыбинском и Горьковском водохранилищах, лещ, судак, щука, сазан, сом. На основании прогноза ОДУ по Рыбинскому водохранилищу на 2013 год возможен вылов указанных видов рыб общим количеством 430 тонн, по Горьковскому водохранилищу 81 тонна.